In de jaren '90 lijken de jaren van het klassieke striptijdschrift geteld. Daar stond tegenover dat er in deze periode een hele serie smallpressbladen verschenen. In het nieuwe millennium zet deze trend zich voort.

De afnemende belangstelling in strips van het grote publiek deert het vrolijke weekblad Donald Duck niet. Onderzoeken wijzen zelfs uit dat Donald Duck het meest gelezen blad is onder Nederlandse mannen en onder studenten. Ook het meidenblad Tina blijft verschijnen, zij het tegenwoordig met een nadruk op meer karikaturale strips. Tekenaars die in deze periode hun opwachting maken zijn Gerard Leever ('Suus en Sas'), Floor de Goede ('Zusje van…'), René Bergmans ('Sfinx') en Peter FitzVerploeg ('Puck').

Jan Vriends is present in verschillende jeugdbladen. Zo tekent hij 'Roos' in Tina, ontwikkelt hij het figuurtje 'Hank Spencer' voor Zo Zit Dat en verzorgt hij striptekencursussen in Nickelodeon Magazine.

Jetix Magazine, dat verschijnt in licentie van de televisiezender, schuwt ook de Nederlandse auteurs niet. Gerard Leever blaast nieuw leven in 'De Vloek van Bangebroek', een strip die hij in de jaren '80 voor Robbedoes maakte.

In 2003 lanceert Uitgeverij Silvester MYX Stripmagazine. Uitgever Silvio van der Loo publiceert veel Franse (vervolg)strips die ook als album bij Silvester worden uitgegeven. Maar MYX biedt ook ruimte aan recensies, interviews en werk van Nederlands talent, zoals Schwantz, Floor de Goede, Hallie Lama, AAaRGh, Richard Bos, Erwin Suvaal, Floris de Smedt, Lamelos, John Erkelens, Rob van Barneveld, Alex Wesselink, Richard Bos, Mattt Baay en Maarten Gerritsen. Oud(er)gedienden als Jan van der Voo, Mark Retera, Marq van Broekhoven, Kim Duchateau en Jan-Dirk Barreveld leveren ook bijdragen. In 2006 verkoopt Silvester het blad aan Edollandia.

In 2009 brengt uitgever Rob van Bavel het tijdschrift Eppo opnieuw op de markt. Aan dit voornamelijk uit nostalgische overwegingen heropgezette blad werken de meeste tekenaars en schrijvers van weleer mee, zoals Carry Brugman ('De Partners'), Henk Kuijpers ('Franka'), Martin Lodewijk ('Agent 327', 'Storm') en Uco Egmond ('Eppo').

De allerkleinsten komen niets te kort aan strips, want ook de bladen van de educatieve uitgeverijen staan er vol mee. Voor kinderen in groep 4 geeft Zwijsen Roetsj uit. Naast leerzame puzzeltjes en weetjes, bevat het blad strips als 'Joep' (door Michiel van de Vijver), 'Pakje Bakmeel' (door Rob Derks) en 'Tommie' (door Gerben Valkema).

Van dezelfde uitgeverij is Maan Roos Vis, een blad voor kinderen uit groep 3. Het blad bestaat sinds 2007 en bevat onder meer strips van Jan Jutte en Hugo van Look ('Mik en Saar'). Tot slot brengt Zwijsen Dolfje Weerwolfje, gebaseerd op de bekende kinderboekenreeks van Paul van Loon. Dit blad bevat strips van de hand van Gerard Leever, Maarten Gerritsen, Michiel van de Vijver en Rob Phielix.

Bij Malmberg is Okki met zijn negentigjarige loopbaan het oudste blad. In de jaren 2000 verzorgen Dirk van Dulmen en Herman Roozen enige tijd de belevenissen van 'Okki' in de vorm van een dierenstrip. Roozen schrijft ook de belevenissen van 'Ruimtepiraat Rick' voor tekenaar ckoe. Andere tekenaars zijn Fréderiek Westerweel en Jaap de Vries.

In 2009 ondergaat het blad een radicale restyling, waarbij het merendeel van het tekenwerk wordt ondergebracht bij het Tekenteam, een studio voor beginnende tekenaars. De hoofdfiguur Okki is nu een jonge astronaut, die avonturen beleeft op andere planeten. De stripjes worden geschreven door Margreet de Heer.

Ook Taptoe wordt flink aangepakt. Tot 2009 publiceert het blad strips als 'Professor Oja-Aha van Roel Venderbosch en 'Roboboy' van Luc Cromheecke. Maar in 2009 besluit men "een nieuwe koers" te gaan varen. 'Oktoknopie' van Gerard Leever verdwijnt na bijna 25 jaar trouwe dienst.

Naast Eppo verschijnt in de jaren 2000 een andere oude bekende terug op de markt, Jippo. Jeroen Funke van het Lamelos-collectief gaat op de solotoer met diverse illustraties en de strip 'Strippo' (voor Okki tekent hij overigens de strip 'Op de Vies planeet'). Ook ckoe en Herman Roozen zijn present met hun teken/fotostrip 'Koen', en Floris Oudshoorns 'Swamp Thing' is onder naam 'Swamp & Zo' ook van de partij. In 2008 verdwijnt het blad echter alweer.

In 2007 stopt ook Hello You!, het blad waarmee kinderen de Engelse taal kunnen leren. Hiermee komt een einde aan de strips 'Gang Of 4' van Reinder Dijkhuis, 'Mynga & Ramzy' van Evert Geradts en 'The Girl Is Mine' van Mars Gremmen.

Ook in dit decennium blijft Zone 5300 de broedplaats voor nieuw talent. Nieuwe tekenaars die hun opwachting maken in dit alternatieve stripblad zijn Pieter De Poortere, Nozzman, Floor de Goede, Schwantz, Alice Kok en Simon Spruyt. Verder publiceerde Zone-redacteur Marcel Ruijters in 2002 het laatste deel van zijn anthology Thank God It's Ugly.

Vanaf 2003 verschijnt het "Utrechts Beeldblad" De Inktpot, een uitgave van Utrechts auteurs dat voornamelijk lokale thema's en onderwerpen heeft. De redactie bestaat uit Niels Bongers, Albo Helm en Nico Stolk. Deelnemende auteurs zijn onder meer Joshua Peeters, Mattt Baay, Pascal Oost, Wilma van den Bosch, Gijs Grob, Ronald van der Heide, Jos Collignon, Merel Barends, Rob van Barneveld en Michel Sakkers.

Inkt Magazine, een initiatief van Jasper Nijssen, vindt zijn oorsprong op de kunstacademie Minerva in Groningen. Het blad biedt een podium aan uitsluitend beginnend en onbekend talent, zoals Mattt Baay, Chris Berens, Nikola Boskovic, Thomas Bosma, Johan Boterenbrood, Sandra Kleine Staarman, Jorine Janssen, Jeroen Murré, Ella Nitter, Johan Potma, Thije Prins, Rosanne Roovers, Sascha Steenaart en Stephan de Vries.

Naast publicaties op de internetportals als Stripster en de vele weblogs, manifesteert een nieuwe generatie jonge stripmakers zich met De Lijn. Dit is een onregelmatig verschijnende smallpress-uitgave die telkens weer een ander thema en een andere vorm heeft. Zo verschenen achtereenvolgens De Gedroomde Lijn (2006), De Legendariese Lijn (een verwijzing naar de underground van de jaren '70, 2006), De Transparante Lijn (met transparante sheets in plaats van papieren pagina's, 2007), De Verslavende Lijn (een verwijzing naar Eppo, 2008) en De Ruimtelijke Lijn (een verwijzing naar EC's Weird Science en Weird Fantasy, 2009).

Doordat Nederlandse en Vlaamse auteurs meer met elkaar in contact komen middels fora als het Stripmakersforum, zijn Nederlandse auteurs ook ruim vertegenwoordigd in Vlaamse publicaties als Plots en Parcifal. Lamelos is in 2006 de "piraatredactie" van van de boekjes van Parcifal nummer 4 en brengt een hilarische parodie op het weekblad Donald Duck, genaamd Erik Eend.